La cooperación interinstitucional es una estrategia permanente del INIAP, tanto al nivel internacional como nacional, que le permite el acceso a los avances técnico-científicos y al intercambio de conocimiento y experiencias con los demás países y organizaciones de investigación y transferencia de tecnologías, para coadyuvar al desarrollo tecnológico de la agricultura ecuatoriana. Además del aporte técnico, la cooperación internacional y nacional también canaliza recursos financieros para la ejecución de proyectos de investigación orientados a solucionar los problemas que afectan a la producción agropecuaria. De esta manera, los recursos técnicos y financieros del INIAP son complementados y potenciados, para lograr mayor eficiencia en el cumplimiento de la misión institucional.